En la última década del siglo XIX la Colegiación se convierte en el tema central de las reivindicaciones profesionales.

Como colofón a dichas iniciativas, un Real Decreto fechado el 12 de Abril de 1898 aprobaba simultáneamente los Estatutos para el Régimen de los Colegios Profesionales de Médicos y Farmacéuticos.

Entre otras muchas cuestiones, disponía que para ejercer la medicina y la cirugía era indispensable “poseer el título universitario correspondiente, pagar la contribución establecida para el ejercicio y estar inscrito en el Colegio Oficial de Médicos de la provincia donde el profesional tenga su residencia habitual”.

A tal efecto, el 23 de Mayo se publica en el Boletín Oficial de la Provincia el acta de la Reunión verificada el 21 de Mayo de 1898 para la formación del Colegio Profesional. Se especifican los siete miembros que constituyen la Junta Interina bajo la Presidencia de Don José García López.

Esta Junta se mantiene tras la constitución definitiva del Colegio de Médicos de Huelva a principios del mes de Junio de 1902, después de subsanadas las diferentes reclamaciones nacionales resueltas a nivel gubernamental.

Los primeros años de la vida colegial son poco conocidos, en gran parte porque no contamos con fuentes directas hasta que no se produce su reorganización en 1918.

En efecto, tras la muerte del primer Secretario había desaparecido toda documentación sobre la vida colegial; a pesar de ello se han podido documentar varios listados de colegiados y circulares del propio Colegio durante ese periodo (1902 a 1917).

En acta conservada en el Colegio, se especifica la Junta Directiva de 1902 y la relación de médicos colegiados.

Desde estas fechas la evolución de los órganos gestores de la institución onubense no viene sino a mostrar la constante adaptación de la corporación a las diferentes etapas históricas que ha vivido la España del siglo XX.

Adaptación en donde generalmente no han tenido cabida los giros impredecibles y los sobresaltos radicales, sino que más bien se ha mantenido una línea continuísta.

El Colegio ha pasado por distinto lugares como sedes provisionales. De hecho las primeras Juntas se valieron de locales propios de otras instituciones para sus reuniones como la Diputación Provincial, el Instituto de Enseñanza, el Círculo Mercantil, la Casa de Socorro, en incluso domicilios particulares.

Es en 1923 cuando queda constancia de la existencia de una sede propia en calle Vázquez López Nº 15 como se especifica en el Boletín del propio Colegio.

En 1938 radica ya la sede en el número 2 de la misma calle, siendo la última ubicación hasta el establecimiento en la sede actual en 1962, comprándose el edificio conjuntamente con el Colegio de Veterinarios y con la financiación de Previsión Sanitaria Nacional . Es en julio de 1967 cuando se produce la liquidación total a Previsión.

A lo largo de los años han sido varias las Juntas que han regido la institución , durante un largo periodo por designación, y a partir de 1977 por elección democrática, y 16 los Presidentes de la misma.